Vous pouvez aussi utiliser un insecticide à pulvériser sur les mouches. Cependant, rien n'est utilisable pour tuer les larves. Il faut donc surveiller le vol des mouches des différentes générations (un bac jaune collant peut permettre de les capturer à la fois pour les compter, suivre leurs populations, et pour les piéger, réduire la pullulation). Une fois que vous avez repérez un vol, il faut pulvériser le jour même. Il faut donc préparer d'avance des macérations. L'armoise, ou absinthe, peut être macérée dans un sceau d'eau. Le pyrèthre, insecticide naturel issues de fleurs ressemblant aux pâquerettes, peut aussi être utilisé, il est vendu en jardinerie. Des feuilles de tabac peuvent également être macérées dans de l'eau. Sachez néanmoins que ces macérations de plantes restent toxiques, les molécules du tabac et du pyrèthre sont très proches de celles des insecticides (pyrethrenoides et néonicotinoides), ils faut donc les appliquer au plus tard 2 semaines avant la récolte des légumes. Vous pouvez aussi essayer de macérer d'autres plantes ! Semez également des oeillets d'inde autour de votre potager, ils éloignent les mouches.
Enfin, il existe des insectes appelés parasitoides qui pondent dans la mouche de l'oignon et la tue. Il n'est pas possible d'acheter ces insectes, mais si vous n'utilisez pas d'insecticides, il est possible qu'ils soient présents dans votre jardin et vous aident gratuitement à combattre la mouche de l'oignon.